היי עדיאל
קודם כל, תמיד כדאי להתקין את התוכנה + פלאגינים על ה- SSD של מערכת ההפעלה ואת הפרויקטים עצמם של התוכנה לשמור על כונן אחר (במקרה שלך עוד SSD).
התאמצות המעבד אינה קשורה דווקא לכוננים קשיחים ולרוב אינה קשורה לפעילות מערכת ההפעלה.
מכיוון שכבר התקנת מערכת חדשה, סביר להניח שפשוט יש בעיה במעבד.
הייתי מציע להפעיל תוכנת Speed fan ולבדוק את הטמפרטורה של המעבד ללא הפעלת קיובייס.
אם הכל תקין, לנסות להפעיל תוכניות אחרות חוץ מקיובייס.
http://www.9comp.com/?p=1957
אם יש בעית התחממות, מציע שתחליף מאוורר מעבד למשהו רציני + משחה טרמית.
קח בחשבון שתקלה כזו יכולה לנבוע גם כשהמעבד עצמו תקול או לוח אם.
אם לאחר החלפת מעבד עדין יש תקלה, ובשביל לבדוק תקינות עד הסוף חובה לקחת למעבדת שירות.